橋本病の診断には、びまん性（甲状腺全体に広がっている状態）の甲状腺腫があることと同時に、甲状腺ホルモンの産生が高まっていないこと（バセドウ病ではないこと）の確認が必要です。
■甲状腺機能の検査
甲状腺機能を調べるためには、血液中の甲状腺ホルモン濃度の測定をします。
また、下垂体から分泌される甲状腺刺激ホルモン(TSH)の測定も重要です。少しでも甲状腺ホルモンの不足があると、それを下垂体が敏感に感じてTSHの分泌を増やし、血液中の濃度が上がります。つまりTSHの濃度が少しでも高ければ、甲状腺ホルモンの不足があるということになり、甲状腺の機能が低下していることがわかります。
また、甲状腺機能低下症では血中のコレステロールが増えるため、このことから甲状腺機能低下症が見つかることもあります。
■甲状腺の抗体の検査
甲状腺腫があり、なおかつ甲状腺機能低下症があれば橋本病である証拠ですが、甲状腺機能に異常がない場合は、「甲状腺の組織成分に対する抗体」があるかないかで診断します。これも血液で調べます。
■細胞検査
血液検査で抗体を調べてもはっきりしない時には、細胞の検査をします。甲状腺の細胞は、細い注射針を使って吸い出すことができます。この診断方法を「穿刺（せんし）吸引細胞診」といいます。
